Agos Gazetesi, Ermeni kimliğini oluşturan dil, kültür ve tarihi değerlere sahip çıkmak, onu yeni kuşaklara taşımak, Türkiye’de yaşayan Ermenileri tanıyıp, topluma entegre etmek, onların sorunlarını Türkiye’nin gündemine sokmak ve sorunlarına çözüm üretmek gibi misyonlarla Hrant Dink ve bir grup arkadaşı tarafından 1996 yılında kuruldu. Cumhuriyet döneminde Türkçe ve Ermenice yayın yapan ilk gazete olması açısından Agos önemli bir dönüm noktası. Agos ofisini 1999 yılında İstanbul – Osmanbey’de bulunan Sebat Apartmanı’na taşıdı. Zaman içerisinde burası yurtiçi ve yurtdışından Ermeniler, diğer azınlık grubu mensupları, araştırmacılar, öğrenciler ve gazeteciler için önemli bir uğrak noktası haline geldi. Agos aynı zamanda, insan hakları savunucuları, birçok gazeteci ve aydın için Türkiye’nin daha demokratik bir ülkeye dönüşmesinin umudunu temsil ediyordu. Agos görünmez kılınan, Türkiye’deki Ermeniler ve azınlıklarla ilgili meseleleri, 1915 sonrasında yaşanan acıları ve bunların günümüzde süregiden etkilerini yazdıkça, tüm azınlık gruplarının maruz kaldığı insan hakları ihlallerine yönelik politikaların geliştirilmesi ve hayata geçirilmesi için talepte bulunan grupları cesaretlendirici bir işlev gördü.
Agos’un kurulduğu tarihten bugüne genel yayın yönetmenliğini üstlenen Hrant Dink, 2004 yılından itibaren çeşitli yazılarından ötürü ulusal basında nefret söylemine maruz kaldı ve hakkında davalar açıldı. Dink için yoğun yargı sürecinin başlangıç noktasını, kendisi doğrudan dava konusu olmasa da, kendi imzasıyla Agos’un 6 Şubat 2004 tarihli sayısında yayımlanan, Atatürk’ün manevi kızı, Türkiye’nin ilk kadın pilotu Sabiha Gökçen’le ilgili haber oluşturdu. ‘Sabiha Hatun’un sırrı’ başlığıyla verilen haberde, Gökçen’in Ermeni kökenli olduğu ve Ermenistan’da akrabalarının bulunduğu belirtiliyor; Antep kökenli Ermenistan vatandaşı Hripsime Sebilciyan Gazalyan, Gökçen’in yetimhaneden alınmış bir Ermeni yetim, kendisinin de onun yeğeni olduğunu iddia ediyordu.
Bu haberin ardından Genelkurmay Başkanlığı Genel Sekreterliği sert bir açıklama yayımladı. Hemen ertesinde, Hrant Dink İstanbul Valiliği’ne çağrılarak MİT mensuplarının da olduğu bir ortamda uyarıldı. Ayrıca, Dink’in Agos’ta yayımlanan Ermeni kimliği konulu sekiz bölümlük bir yazı dizisinin bazı bölümleri cımbızlanarak “Hrant Dink Türk kimliğine hakaret ediyor” suçlamasıyla sağ basında hedef gösterilmeye başlandı. Dink hakkında “Türklüğü neşren tahkir ve tezyif etmek”suçundan açılan davada, bilirkişi heyetinin herhangi bir suç unsuru olmadığına ilişkin raporuna rağmen, Hrant Dink altı ay hapis cezasına mahkûm edildi. Davanın ilk duruşmasında ulusalcı gruplar hem adliye binasında hem de Agos’un önünde nefret ve tehdit içeren sloganlar atıp Hrant Dink ve avukatlarına bozuk para ve kalem fırlattı. Tüm bunlara paralel olarak bazı gazeteler Dink’i ve Agos’u hedef göstermeye devam etti. Son olarak, Agos’un 21 Temmuz 2006 tarihli sayısında yayımlanan “301’e karşı 1 Oy” başlıklı haber nedeniyle, Türk Ceza Kanunu’nun 301. Maddesi uyarınca Dink’in “Türklüğü aşağıladığı” iddia edildi. Ulusal basında hedef gösterme, ulusalcı grupların tehdit ve nefret söylemi içeren protestoları ve davalarla ilerleyen bir süreçte Hrant Dink, 19 Ocak 2007’de Sebat Apartmanı’nın önünde kurşunlanarak öldürüldü.
Büyük tepkiyle karşılanan bu cinayetin ardından cenaze gününde on binlerce kişi “Hepimiz Ermeni’yiz, Hepimiz Hrant Dink’iz” sloganlarıyla yürüdü. O günden itibaren, bir vicdan mekânı haline gelen Sebat Apartmanı önünde, her 19 Ocak günü geniş kitleler unutturma politikalarına karşı cinayetin aydınlatılması ve sorumluların cezalandırılması için, Hrant için ve hepimiz için adalet talep etmeye devam ediyor. Hrant Dink’in katli davası bugün hala devam ediyor.
2007 yılında, Hrant Dink’in mücadelesini devam ettirmek, insan hakları, azınlık hakları ve kültürel hakların korunması ve geliştirilmesine katkı sağlamak, milliyetçi ve ırkçı olmayan tarih çalışmalarının yapılmasına destek olmak, Ermeni kültürü ve tarihinin Türkiye’de yaşatılması ve öğretilmesi için çalışmalar yapmak gibi amaçlarla Hrant Dink Vakfı kuruldu. Bu tarihten itibaren, Vakfın ve Agos’un Sebat Apartmanı’nda bulunan ofisleri diasporadan atalarının topraklarını keşfetmek için Anadolu’ya giden Ermenilerin seyahat rotalarında ortak bir uğrak noktası haline geldi.